Okulumuz 1964 yılında Gökçeören Belediyesi'nin Milli Eğitim Bakanlığı'na tahsis ettiği arsa üzerine tek bina ve iki katlı, 5 derslik, 2 Depo, 1 mutfak ve 1 işlik olarak yapılmıştır. Binanın bitirilmesiyle 1968 – 1969 eğitim ve öğretim yılında "ilkokul" olarak hizmete açılmıştır.
1968 yılından 1990 yılına kadar okulumuz Gökçeören Ortaokulu ile ortak kullanılmaya başlanmıştır.
1997 yılında "8 yıllık kesintisiz eğitim"e geçilmesiyle okulumuz Yunus Emre İlköğretim Okulu olmuştur. Derslik sayısı yetersiz olduğu için çok amaçlı salonumuz ortadan bölünerek iki derslik oluşturulmuş, ayrıca mutfağımız da dersliğe dönüştürülmüştür.
Okulumuzun ismi Yunus Emre İlköğretim Okulu'dur. Okulumuza ismini veren gönül dostu Yunus Emre'nin türbesi kasabamıza 7 km uzaklıktadır. Okulumuzun açıldığı yıllarda kasabamızda başka okul olması, kasaba halkının Yunus Emre'ye olan sevgisi ve Yunus Emre'nin kabrinin kasabamız sınırları içinde olması dolayısıyla okulumuza bu isim verilmiştir.
2009-2010 Eğitim-Öğretim yılında artan derslik ihtiyacımızı gidermek üzere ek derslik binası inşaatımız yapılmıştır.
2012-2013 Eğitim-Öğretim Yılında okul dönüşümleri sonucu okulumuz ilkokul olmuştur.